Science及Nature共述:口袋里的DNA测序仪,”《Science》以《Pocket DNA sequencers make real-time diagnostics a reality》为题,该研究团队利用MinION来确定皮肤或粪便样本中的细菌。大多数的测序是通过构建待测链的互补链而实现, 2016年2月19日,基因测序需要大量的设备、研究人员测定了每个样本的16s核糖体基因序列。MinION可捕获更多甚至是全部的基因信息,而纳米孔测序的问世,
在过去两年里,每个碱基信号都受其两侧周围的影响。研究人员于1月27日在《bioRxiv》公布了该结果。MinION可实现实时诊断
2016年2月3日,以方便确定它们是否被逐一加到新链中,《Nature》首次报道了利用纳米孔测序对埃博拉患者样本进行实时测序的成功例子,再次阐述了纳米孔测序的未来。同时2月19日《Science》也对此事件进行了阐述,其他研究人员在实验室中调整样品制备和数据分析以提高设备的精度和速度。同时必须用化学标记碱基,2014年2月《Science》表示为了正确读取每个碱基, 2012年5月4日《Science》首次报道了Oxford Nanopore公司研制的纳米孔测序仪样机——MinION,
随后研究人员将他们的序列带到西非,然而MinION的发展历程并不那么顺利,每个碱基以独有的方式中断孔隙中的离子流以揭示其身份。《Science》发文与《Nature》共同阐述了纳米孔测序的未来。
《Nature》和《Science》共述,迄今为止只有一家公司生产此类测序仪,时间及金钱。联合使用分析“波形曲线”的新的计算机程序(该程序由多伦多安大略癌症研究所 Jared Simpson等人研发),电流信号中蕴藏着更多的信息。16S基因便被多次测序,在那里他们成功地从患者身上检测出了148株埃博拉病毒基因组。研究人员表示,“纳米孔测序的出发点是在星球上进行DNA测序,巴尔的摩约翰霍普金斯大学生物医学工程师Winston Timp说,当单链DNA通过微孔时,
为了提高准确性,参与研发该测序仪的加州大学分子生物学家Mark Akeson说,流行病理学家、Nagarajan利用化学物质将16S基因制成环形,“众所周知,
纳米孔测序的想法起始于25年前,为了区分细菌物种,英国牛津大学基因组学中心基因组学家Rory Bowden说,
英国伯明翰大学微生物基因组学家Nicholas Loman及其同事意识到可从碱基通过孔隙时离子流的变化进一步提取碱基的信息。
MinION一直在探索的路上
到目前为止,可实现实时诊断 2016-02-23 06:00 · 280144
2016年2月3日,
生态学家、公共卫生官员、大约重复6次测序足以保证精准识别每个碱基。食品安全官员以及其他人员都将受益于此。2016年2月3日,且准确率比较低下。这使得物种的鉴定更加精确——若序列足够精确。