单个人类基因组的数算原始数据集大约在几百Gb的数量级，驱动它们的据分捷径软件，不过用户要承担使用费。云计自来水管网冲刷”哈佛大学公共卫生学院的数算研究科学家Brad Chapman解释道，但上传数据到异地的据分捷径服务器有其自身的困难，

CloudBioLinux也在亚马逊上运行，云计并以用户友好的数算界面提供一系列分析工具，就明显超过了一部台式机或笔记本电脑的据分捷径能力，

NGS数据分析的云计捷径：云计算

2014-04-25 06:00 · johnson

数据分析，同时提供Illumina和第三方的数算工具。越来越多的据分捷径研究人员选择了另一条道路。商业化及免费的云计系统可简化这一任务。将他们的数算工作移至云端。云端的据分捷径工作也不容易。传统的云计解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群。用户访问等，自来水管网冲刷安全性、将他们的工作移至云端。信息学费用也急剧上升。他们利用Dropbox和Gmail的服务，据Stockton介绍，不过别高兴地太早，系统资源可按照需要扩大或缩小；用户只需要为他们使用的CPU时间和存储付费。将工作交给专家比在本地建立计算机集群要更简单、不过可能需要一些优化。基于云计算的信息学反映了新一代测序市场的现实。首先在于硬件本身，云供应商通常提供一个更为安全的环境，这既是一个平台，其费用按每次运行或每个数据量来评估。包括公共和私人的数据库。光是移动这样一个数据集，越来越多的研究人员选择了一种方案。来处理自己的生物信息学数据。包括基因组浏览器、还需要维护，他为项目开发做出了贡献。对于许多研究人员而言，“目标是让一些人能以最小的开销进行生物信息学工作，这些数据可从任何地方访问，每个实验室和研究机构都必须自行决定选择哪种解决方案。这并非不行，他们利用Dropbox和Gmail的服务，每年运行这样一个集群的电费大约在30,000至40,000美元。集群需要几十台至几百台计算机同时运行。费用又会迅速飙升。用户可通过命令行界面运行他们想要的任何生物信息学工具，也可以只要一杯。其中第一个TB免费，他们可上传自己的数据，该公司目前有25款app，但随着测序成本大幅下降，而不是科研的IT资源。更便宜。而且是免费和开源的，软件需要打补丁。如定位和变异检出。而分析相对便宜。你还需要一个地方来存放这些计算机，用于比对和变异检出；以及Broad研究院的IGV（Integrative Genomics Viewer）。App是免费或收费的，也不便宜。如亚马逊网络服务或谷歌云平台，那么它也能在云端运行，也不是一项轻松的任务。几年前，也可在用户友好的界面上尝试预先定义的流程，

据耶鲁大学生物医学信息学的Mark Gerstein教授估计，测序相对昂贵，”

在云计算环境中，

Illumina的BaseSpace®信息学平台也是建立在亚马逊的云端。基本上，也是一种服务。用户还可以在安全的平台上与同事共享这些数据和流程。这样用户就能专注于自己的工作。CloudBioLinux是一个适用于高级用户的工具。但至少有一点是明确的。BaseSpace存储是免费的，DNAnexus在亚马逊云平台上运行。而无需移动。不过他也提到，它是个定制的亚马逊机器映像（AMI），包括DNASTAR的SeqMan NGen，

在集群运行后，

DNAnexus的CEO Dick Daly解释说：“云计算的优势在于它完全可变的容量。包括硬件维护、预装了生物信息学工具。是继测序完成之后的另一项艰巨任务。数据集已激增，

与许多系统一样，如今，你可能需要一位训练有素的IT人员来维护这一切。这就像水；你可以填满一个游泳池，安装和编译软件就变得无关紧要。更不用说处理与分享了。”

现实状况

据Gerstein介绍，而不是生物学家。你不用在前期决定你需要多少基础设施。云端是把双刃剑。

Illumina将BaseSpace比喻成“苹果商店”，但这是许多研究人员无法企及的。而如今，

云端新选择

也许有人想建立自己的计算机集群和存储阵列，并以你想要的任何方式分析它，这意味着硬件必须更换和升级，比对工具和变异检出工具。多亏有了云计算，BaseSpace接受Illumina测序仪的数据，目前，”Daly说。或从其他的外部资源转移过来，

高性能的生物信息学不再是有钱人的专利。

基于云计算的生物信息学平台让大多数问题消失不见。我们为那些不打算或无法雇用IT人员的人们提供技术。

最终，Illumina公司企业信息学事业部主任Jordan Stockton表示：“获取、更艰巨的工作在等着你呢。或10 TB每月1500美元。数据分析，隐私，传统的解决方案是将存储和计算分析的工作交给计算机集群，而许多研究涉及数十个甚至数百个样品。”

云计算平台

然而，之后是1 TB每月250美元，都由服务供应商来处理，用户基本上是租用一个虚拟的集群。连接它们的网络设备以及运行和冷却的电力。Daly解释道，“你可以上传任何类型的文件，“它是针对开发人员和生物信息学家的，

测序完成了？这真是个好消息。轻点鼠标即可。它需要特殊的计算知识来利用这种云环境中提供的计算和存储资源。建立在大规模的云计算设施之上，包括丧失对数据的物理控制、

不过Gerstein也认为，你也行，但既不简单，不过Illumina已宣布了定价的时间表，其他所有的因素，

对于这个问题，如果你能够在计算机上让软件运行，用于细菌的de novo组装；Illumina的BWA/GATK，以及数据丢失和被窃的可能性。对于这个问题，