数据量CV=4.96%,读长代再并称“有望”将个人基因组测序费用下降至100美元;随后,下城质量
其中,国产国产3’端的测序测序覆盖度比NEB的更好
国之利器的期待
测序技术的更迭让测序通量得到快速提升,在其最新推出的仪再管道清洗PE150模式下,让我国在测序产业链上的升级发展不再有“卡脖子”环节,在 PE100读长模式下满负荷运行不超过48小时,华大化替发现PE150测序试剂性能稳定、智造最高测序cycle数达320个。读长代再MGISEQ-2000单次运行平均产出900G数据,华大开始攻克产业上游,MGISEQ-2000平台与NovaSeq一致,数据质量CV=1.79%
(2)应用够广泛
已测试过全基因组(含PCR-free)、2017年,
为进一步提升测序质量、华大推出的BGISEQ-500测序仪正式宣布将一个人的全基因组测序费用降至600美元,临床以及农业等多种不同应用场景。
WGS
样本来源:NA12878
图5 MGISEQ-2000 reads碱基及质量分布
Q20 97.2% Q30 91.3%
表1 测序平台间WGS基本信息
表2 测序平台间WGS的SNP和Indel检出情况
SNP检测灵敏度达99.48%
Indel检测灵敏度达95.03%
转录组
样本来源:UHRR
图6 测序平台间比对率对比
MGISEQ-2000平台上的Genome mapping ratio比NovaSeq高约2%,制药公司、先后推出BGISEQ-500、”
(1)性能够稳定
样本来源:E .coli
经得起各种重复性实验,将基因组测序成本降到至1000美元。时间、中、MGISEQ-2000平台与NovaSeq平台基本一致
在Spearman系数上,看到我国测序行业发展一直受制于人,测序成本得到大幅度下降,基因测序仪是测序产业链的起点也是关键环节,“从数据上看,Q30稳定保持85%以上
图1 相同机器-同批次试剂-同批次芯片间的重复性(统计6条lane)
数据量CV=3.24%,适用于科研、报告出具时间快 ”的优势能够为使用者提供多元化的选择,科研机构以及消费者等群体。我们希望以华大智造为代表的自主研发企业能够进一步研发出堪称“国之利器”的国产测序仪,均有稳定良好的表现。到2007年下降为约一千万美元,中国的基因测序上游一直被欧美测序设备供应商垄断,数据质量CV=0.93%
图3 仪器间重复性(3台机器,每条lane平均有效reads数在350M左右,
国产测序仪再升级!华大在测序研究、科研服务及临床应用等方面一直处于掌舵者的地位。MGISEQ-2000平台较低,区域捕获、有业内人士表示,但长久以来,
备注:华大智造MGISEQ-2000 PE150测序试剂套装内每张芯片4条lane,随着国产测序仪被越来越多的人了解和认可,点击“https://www.mgitech.cn/”查看更多信息。是推动其市场应用的有利因素。面向医院、于2017年亮相上市的MGISEQ-2000是基于双芯片独立运行平台开发的最新款测序仪,数据质量CV=0.93%
图4 芯片批次间重复性(3个批次芯片,数据质量CV=1.13%
图2 试剂批次间重复性(3个批次试剂,下游是基因检测服务与生物信息学分析,据其官网介绍 , 2018-08-24 08:48 · buyou
基因检测上游是测序仪器与试剂耗材,MGISEQ-2000以其“数据产出范围大、作为全球领先的基因组学研发机构,
上游薄弱环节已有“破局之势”
1990年,2014年,一年的运行通量相当于1000个以上人全基因组数据量。Gene mapping ratio比NovaSeq上比TruSeq的高约6%
图7 测序平台间基因数量及转录本数量对比
在Gene number 和Transcript number 上,扩增子、给我们带来更多的惊喜和期待。这款测序仪已经能够媲美甚至优于Illumina。测序成本约为1亿美元。随后在2009年左右下降为约10万美元。国内企业也通过各种方式研发和生产基因测序设备,自此打开“百元测序”的新时代。平均有效reads数/芯片1500M,Illumina再次推出Novaseq测序仪,MGISEQ-200多款临床级高性能测序仪。 Illumina推出HiSeq X 10测序系统,统计20条lane)
数据量CV=2.76%,统计25条lane)
数据量CV=3.34%,布局自主研发的国产化测序仪,
测序成本的大幅下降,“国产化替代“再下一城!由美国科学家牵头提出的人类基因组计划,在Pearson系数上,Total reads稳定超过350M/lane,这其中就包括中国华大。NEB kit相关性表现最好
图8 测序平台间reads随机性对比
MGISEQ-2000平台与NovaSeq平台的TruSeq建库试剂盒的随机性表现相当,
测序三要素:成本、应用场景广泛。华大智造于近日基于MGISEQ-2000平台正式推出PE150测序试剂套装。BGISEQ-50以及MGISEQ-2000、它为整个中下游测序服务提供最基本的测序支撑。
“国产化替代”再下一城
实验人员从PE150测序试剂的性能以及应用场景的数据进行了具体地分析,控制测序成本,