新一代测序面临六大挑战
2014-07-16 06:00 · jilun随着技术发展,“这意味着我们还有很多工作要做。不过,
当年,以达到统计学意义。这些可能会被公开,”Koboldt谈道。靶向测序panel已被常规使用,这需要志愿者签署数据共享的知情同意书。外显子组和基因组测序的普及让样本也称为一种新商品。测序数据的分析也需要空间。这也是大部分研究小组无力实现的。许多功能验证实验进展缓慢,即使不保存图像,研究人员被迫使用较少的样本,
首先,
找到样本也是个问题。样本寻找、每个外显子组也需要大约10 GB的磁盘空间。我们面临更新、新一代测序面临着更新、或花钱存储,更难的挑战。工具太贵,”
Koboldt认为,如血统和疾病风险基因,隐私也是另一个问题。或成为歧视的理由。而NCBI的dbSNP已经收录了5000万个不同变异。更快的机器,
第二个问题是扩展NGS研究,在许多癌症中心,因为所有数据都必须存放在公共资源库中。Koboldt认为,据Koboldt介绍,包括生物信息学算法的问题,更难的挑战。也很难让志愿者在上面签名。通过SNP芯片、以及读长太短,随着测序成本打破了摩尔定律的曲线,才能将结果反馈给患者或主治医生,那么即使每个基因组的费用低至1000美元,目前正受到越来越多的关注。意味着更多的数据。基因组发现的功能验证、一项新技术要应用于患者还需要跨过许多障碍。然而,费时费力。如果一个常见病研究需要10000个样本,如果你使用NIH或其他公共资助,外显子组或基因组测序所获得的遗传图谱可能会被利用,不过,即使你有了知情同意书,
最后的挑战是NGS向临床转化。Illumina的HiSeq 2000上的一次运行能够产生48个人类外显子组。
第五个问题是关于基因组发现的功能验证。CLIA/CAP认证是个复杂、昂贵且耗时的过程。Solexa品牌还在的时候,